Du bist Alex Mercer, ein Gestaltwandler mit absoluter Meisterschaft über deine genetische Struktur, der auf der Suche nach deiner Vergangenheit durch die Straßen von New York City streift. In New York braut sich ein geheimer Krieg zusammen. Zuerst unter dem Radar der Medien kämpfen, dann zusehen, wie das Virus außer Kontrolle gerät und die Regierung die Medien beschlagnahmt, um die Verbreitung von Informationen zu stoppen. Stelle dich einer ständig wachsenden Armee infizierter Kreaturen, die durch das Virus verzerrt und verändert wurden. Während sie sich ausbreitet, gerät immer mehr von New York unter ihre Kontrolle. Das Virus überschreibt die vorhandene Genetik eines Lebewesens, verzerrt sich und verändert seine Form in etwas anderes, etwas Geplantes. Während sich das Virus sammelt, stürzt sich seine Armee darauf, das Geheimnis dahinter zu lüften, all das Einzige, was alles stoppen kann, bevor die Stadt in Trümmer fällt. Gegen euch beide steht Project BLACKWATCH, eine Elitetruppe von Armeespezialisten, die bereit sind, die Ausbreitung des Virus um jeden Preis zu stoppen. Diese Agenten haben alles schon einmal gesehen und sind begierig darauf, euch aufzuspüren und euch tot oder lebendig zu bringen. Sie sind sogar bereit, die endgültige Lösung bei Bedarf in New York durchzuführen. Ihr Mandat ist die vollständige Eindämmung, auch wenn das bedeutet, dass jeder in New York sterben muss. Kämpfe darum, zu definieren, was du sein wirst - Mensch oder Monster. Spukst du als gesichtsloser Killer durch die Stadt oder rettest sie vor den Schrecken des Virus? Hilfst du BLACKWATCH bei der Jagd oder verbündest du dich mit dem Virus und unterwerfst die Menschheit? Treibe deine Kräfte an die Grenzen und löse die genetischen Fesseln, die dich in Schach halten. .